Potsdam ist durch seine Geschichte eine Stadt voller Symbole. Seit der Wende ist die politische Entwicklung in Potsdam daher vor allem durch Debatten um den Nachbau historischer Barockbauten wie Garnisonkirche und Stadtschloss und die Interpretation der preußischen Geschichte geprägt. Rückgriffe auf die Zeit Potsdams als Garnison- und Residenzstadt verfügten seit der Wende niemals über eine Mehrheit in der Bevölkerung, aber über einflussreiche Unterstützer aus den alten Bundesländern und eine Mehrheit aus SPD/Grüne/CDU/BürgerBündnis in der Stadtverordnetenversammlung.

1990 erhielt die Stadt Potsdam als erste ostdeutsche Großstadt ein Deserteursdenkmal. Das „Denk-Mal für den Unbekannten Deserteur, das der türkische Bildhauer Mehmet Aksoy geschaffen hat, wurde der Stadt Potsdam als Dauerleihgabe des Bonner Friedensplenums überlassen, nachdem der Oberbürgermeister der Potsdamer Partnerstadt Bonn die Aufstellung des Denkmals im öffentlichen Raum Bonns verhindert hatte. In Potsdam steht das Denkmal auf dem Platz der Einheit und ist zu einem festen Anlaufpunkt für Kundgebungen und Demonstrationen geworden.

Nach 1989 bis Mitte der 90-er Jahre war Potsdam die heimliche Bundeshauptstadt der Hausbesetzer/innen. Zeitweise existierten in Potsdam fast 30-40 besetzte Häuser. Auch heute gibt es noch einige besetzte Häuser, eine Reihe überwiegend durch Erbbaupachtverträge legalisierte Wohn- und Kulturprojekte.

Seit der Wende stellt die PDS mit kurzen Unterbrechungen zumeist die stärkste Fraktion in der StVV. Zwar konnte die PDS nie den Oberbürgermeister stellen, erregte aber bundesweit Aufsehen, als 1993 und 2003 ihre Fraktionsvorsitzenden Rolf Kutzmutz und Hans-Jürgen Scharfenberg in der Stichwahl gegen die SPD-Kandidaten Horst Gramlich und Jann Jakobs 45 % und 49,9 % der Stimmen erreichten. Trotz zahlreicher Zuzüge aus den alten Bundesländern und einem hohen Pro-Kopf-Einkommen hat die CDU sich in Potsdam nur schwer etablieren können und bislang nie über 20 % der Stimmen erreichen können. Die Werte von Bündnisgrünen sind sogar fallend. Rechte Parteien spielen in Potsdam praktisch keine Rolle. Mit der Kampagne gegen Wehrpflicht, Zwangsdienste und Militär wurde 1993 eine linksalternative Gruppe ins Stadtparlament gewählt, die sich seitdem als Die Andere dort etabliert hat.

1998 wurde in Potsdam als erster bundesdeutscher Großstadt ein Oberbürgermeister durch einen Bürgerentscheid direkt abgewählt